一般認(rèn)為，醫(yī)療活動是伴隨著人類的活動而開始的。西藏高原上的藏族先民很早就開始了藏醫(yī)藥的原始積累，并憑借著這些早期的醫(yī)療知識與疾病作斗爭。從吐蕃第一代贊普時開始，一些簡單的藥物知識就被應(yīng)用在生產(chǎn)和生活中?！段宀窟z教》中就有“可以用賠償?shù)霓k法來對付盜賊，用親友來對付敵人，用藥物來對治毒物，用禳解來對付詛咒”的記載。那時青藏高原上的原始宗教苯教教徒已經(jīng)學(xué)會使用祈卜與醫(yī)藥合用的方法來治療疾病，雖然這時的醫(yī)藥知識很原始也很樸素，甚至還帶著濃厚的巫術(shù)、宗教色彩，但畢竟是一種積極的行為，已經(jīng)脫離了聽天由命、任由疾病肆虐的被動局面。
隨著吐蕃社會進入畜牧和農(nóng)耕時期，生產(chǎn)技術(shù)的提高也使得醫(yī)藥知識更加豐富起來。在制作酥油和釀制溫開水的過程中，人們逐漸掌握了用油汁涂抹傷口，結(jié)扎脈口以治療出血，利用酒糟治療外傷等方法，還知道了飲食對人體健康的益處和害處。
當(dāng)醫(yī)藥知識積累到一定程度的時候，經(jīng)過初步的總結(jié)，藏醫(yī)藥的系統(tǒng)理論體系開始形成了，而政治上的統(tǒng)一和藏族文字的統(tǒng)一為它的形成奠定了基礎(chǔ)。641年，松贊干布與唐朝文成公主聯(lián)姻，文成公主進藏時帶去的各種典籍中就包括了醫(yī)藥的內(nèi)容，這些醫(yī)著由當(dāng)時的漢族醫(yī)僧摩訶德瓦和藏族大譯師達(dá)摩郭夏兩人編譯成一部藏醫(yī)著作——《醫(yī)學(xué)大全》，這是已知吐蕃王朝藏醫(yī)學(xué)中最早的一部經(jīng)典著作。此后，松贊干布不斷地向鄰近的國家和地區(qū)以及內(nèi)地求派醫(yī)生入藏，傳授醫(yī)療經(jīng)驗和交流醫(yī)療技術(shù)。由天竺的巴拉達(dá)札、內(nèi)地的亨翁杭德和大食的嘎利諾聯(lián)合編纂的一部7卷本醫(yī)書——《無畏的武器》，就充分地體現(xiàn)出吐蕃時期的藏醫(yī)學(xué)曾經(jīng)吸收了這三地的古代醫(yī)學(xué)精華，并加以融合而成為藏醫(yī)學(xué)奠基時期的主要組成部分?？上鲜鰞刹拷?jīng)典醫(yī)著都已散失。
8世紀(jì)，赤德祖贊與唐王朝聯(lián)姻，金城公主入藏時再次帶去各種著作，其中的醫(yī)書被譯成藏文后，漢族醫(yī)僧摩訶衍和藏族大譯師毗盧札那在綜合這些譯稿的基礎(chǔ)上，編譯成一部綜合性醫(yī)書——《月王藥診》，其中不但有外國及漢地的醫(yī)學(xué)內(nèi)容，也包含藏民族的醫(yī)療衛(wèi)生經(jīng)驗，它是現(xiàn)存吐蕃時期遺留下來的最早的一部藏醫(yī)經(jīng)典著作。
赤松德贊在位期間藏醫(yī)藥受到了重視，各地的醫(yī)生，包括中原、古印度及沖姆地區(qū)的醫(yī)生紛紛被禮聘入藏傳授醫(yī)學(xué)。同時，赤松德贊還召集來自藏區(qū)各地的9個青年人進行精心的培養(yǎng)，其中以宇陀·云丹貢布最為優(yōu)秀。他不但學(xué)習(xí)藏區(qū)已有的醫(yī)學(xué)知識，還多次游學(xué)行醫(yī)于國外和祖國內(nèi)地，經(jīng)20多年的艱苦學(xué)習(xí)和實踐，他廣泛地吸收了各種醫(yī)療體系的精華，并以西藏人民長期積累的經(jīng)驗為基礎(chǔ)，撰寫成一部醫(yī)著——《四部醫(yī)典》。這標(biāo)志著藏醫(yī)學(xué)已經(jīng)達(dá)到成熟階段，成為一門獨立的醫(yī)學(xué)學(xué)科。宇陀·云丹貢布也因此被尊稱為“藏醫(yī)醫(yī)圣”、“藥王菩薩”。
新宇陀生活于12世紀(jì)，是宇陀·云丹貢布的后代，曾到印度等南亞諸國學(xué)習(xí)古印度的醫(yī)學(xué)著作。在尋獲《四部醫(yī)典》的原稿以后，他一面學(xué)習(xí)，一面把自己的醫(yī)療經(jīng)驗結(jié)合印度的八支醫(yī)學(xué)以及中醫(yī)的診斷和五行理論等，對《四部醫(yī)曲》進行注疏和增補，由他修訂的《四部醫(yī)典》終于定型，并一直流傳至今。
從9世紀(jì)到17世紀(jì)的幾百年間，青藏高原處于相對分裂割據(jù)的狀態(tài)，隨著地方政權(quán)的不斷更迭，其前階段的醫(yī)學(xué)雖有一定的發(fā)展，但影響不太大。直到14、15世紀(jì)，藏醫(yī)學(xué)才出現(xiàn)比較繁榮的局面，學(xué)術(shù)思想開始活躍，并形成不同的學(xué)派，其中最主要的有強巴學(xué)派和舒卡學(xué)派。
強巴學(xué)派又稱北方學(xué)派，以朗杰扎桑為代表。此派在藏區(qū)先后發(fā)現(xiàn)各種草藥，且擅長用溫?zé)嵝运幬镏委熂膊?，尤其是對一些北方常見的疾病，包括風(fēng)寒濕所致的病癥，也擅長使用艾灸療法和放血術(shù)。該派名醫(yī)倫汀·堆孜居美對藏醫(yī)“曼湯”的繪制頗具特色，對后世的影響極大。
舒卡學(xué)派又稱南方學(xué)派，以年姆尼多吉為代表，他廣泛學(xué)習(xí)，博采眾長，著成有很大影響的《千萬舍利》。這一派中最有影響者是舒卡·洛追杰布，他的《祖先口述》是對《四部醫(yī)典》的重要注釋本，至今仍為后代學(xué)習(xí)《四部醫(yī)典》的重要著述之一。此派認(rèn)為《四部醫(yī)典》是一部藏醫(yī)學(xué)家自己的論著，而不是什么佛祖的教誡。
17世紀(jì)以后是藏醫(yī)學(xué)的繁榮時期，五世達(dá)賴?yán)锇⑼?middot;洛桑嘉措對醫(yī)學(xué)很感興趣，他的執(zhí)政官桑吉嘉措對醫(yī)學(xué)也傾注特殊的關(guān)注。在他的主持下，通過對《四部醫(yī)典》的重新修訂和注釋，用通俗文體寫成了《藍(lán)琉璃》，這是至今最盛行的標(biāo)準(zhǔn)注釋本。他還主持繪制藏醫(yī)學(xué)“曼湯”79幅，作為學(xué)習(xí)藏醫(yī)的形象教材，對后世有極大的影響。此外，他所著的《藏醫(yī)史》一書也是了解藏醫(yī)發(fā)展情況的必讀著作。
古代培養(yǎng)藏醫(yī)的方式一般是師徒相傳，培養(yǎng)規(guī)模有限。五世達(dá)賴即位不久就在拉薩哲蚌寺旁設(shè)立了一所醫(yī)學(xué)校——“醫(yī)學(xué)利眾寺”，此后桑吉嘉措又在布達(dá)拉宮對面的鐵山建立了藥王山醫(yī)學(xué)利眾寺，使更多的人學(xué)習(xí)《四部醫(yī)典》等著作，大量培養(yǎng)醫(yī)學(xué)接班人。在五世達(dá)賴等人的鼓勵和支持下，古代藏醫(yī)學(xué)發(fā)展到了繁榮階段。
18世紀(jì)20年代，藏藥學(xué)在帝瑪爾·丹增平措等的努力下得到了重大發(fā)展。他通過對廣大產(chǎn)藥地區(qū)的實地調(diào)查，在學(xué)習(xí)藏醫(yī)藥學(xué)的基礎(chǔ)上，著成了一部集藏藥大成的經(jīng)典藏藥專著——《晶珠本草》，與中醫(yī)《本草綱目》一樣成為中國傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)寶庫中的瑰寶。
在十三世達(dá)賴?yán)飯?zhí)政時期，對醫(yī)學(xué)比較重視。這時的藏醫(yī)學(xué)再次得到振興，重刻和新著了一些醫(yī)書，而且在重整藥王山醫(yī)學(xué)利眾寺的同時，在大昭寺附近創(chuàng)辦了“曼孜康”，以發(fā)展醫(yī)學(xué)和歷算學(xué)。在著名醫(yī)生欽繞諾布的主持下，藏醫(yī)藥學(xué)得到了極大的發(fā)展，并且重新補制和新增了“曼湯”，使得全套的數(shù)目達(dá)到了80幅，成為我國醫(yī)學(xué)寶庫中獨特的珍寶。
